Esta dúvida tem sido bem comum, especialmente na última semana entre usuários Hostgator.
Na grande maioria dos casos, os pedidos não eram atualizados por conta de bloqueios no cloudflare ou bloqueios no mod_security da Hostgator, como explicado neste artigo.
A fim de mitigar o problema, nas versões 4.30 e 4.31 adicionamos dois novos recursos:
Forçar atualização
Com essa opção ativa, sua loja passará a ir buscar atualizações de pedidos ao invés de apenas esperar pelas notificações do PagBank (que estão sendo bloqueadas pelo seu ambiente, ou não estão chegando porque sua loja está fora do ar).
Com esse outro recurso você agora pode atualizar manualmente um pedido clicando neste link exibido na página de um pedido. Note que as atualizações tem um cache de 5 minutos, e repetir a ação neste intervalo de tempo não surtirá efeito.
Lembre-se
O ideal é que você encontre o problema que impede as notificações de serem entregues pelo PagBank em sua loja ao invés de usar estes recursos.