Me pasaba lo mismo,
Cómo lo solucioné yo: Puse en producción las 3 opciones de Mercado Pago: Checkout de Mercado Pago, Mercado Pago – Checkout personalizado (debito, crédito)– y Mercado Pago – Checkout personalizado (pago en efectivo). Luego entré a la opción gestionar de las últimas dos y en la opción “activar checkout” puse NO.
Y de esta forma solo me quedó activo la primera opción.
Parece rebuscado pero a mi me funcionó, espero que les sirva!!