Oi @lucasbustamante, gostaria de te informar uma solução, que pode te ajudar com os próximos comentários que tiver desse assunto.
Tive o mesmo problema que o @ediltonfioroni.
Eu só tinha 2 localidades na entrega nas configurações do WooCommerce, a primeira era Brasil e abaixo a outra era São Paulo. Ao colocar São Paulo acima de Brasil as opções de retirada no local e taxa fixa apareceram no calculador de frete.
Me explicaram que isso ocorre porque o Woo reconhece que eu pertenço ao Brasil, então não passa para a próxima condição, que é São Paulo.
Então a solução aparentemente é reordenar as entregas nas configurações do WooCommerce, assim as outras formas de pagamento aparecerão perfeitamente através do seu plugin.
Obrigada pelo desenvolvimento dele 🙂