やはり再読込するとちらつくままでした。slickをカスタマイザーを使わず実装しても、bxsliderを実装しても同様の状況です。
自己解決しました。
要素をかこむdivにposition:relativeを指定しているとスライダーがちらつくことがあるということで、bootstrapのcol-xs、col-mdのrelativeを打ち消しました。
.habakiri-slider__transparent-layer col-xs-10,.habakiri-slider__transparent-layer .col-md-8{
position:static}
上記ソースの追記です。
公式のデモサイトでも同様の現象は発生しているようです。
