Hola de nuevo Fernando, creo que he localizado el problema que estaba teniendo.
Si no estoy equivocado creo que el plugin desactiva la fuente dashicons, que es la tipografía que utiliza Divi para poner el icon cuando esta marcado el checkbox.
Ya me confirmarás si estoy en lo cierto, ya lo he solucionado usando mi propia fuente de iconos de icomoon.
Muchas gracias!
Saludos!