encontrei uma solução nos posts antigos:
Editar página do carrinho, remover o conteúdo original e adicionar o shortcode [woocommerce_checkout] funcionou.
Aparentemente funcionou, ele troca o estilo de todo o checkout, deixa da forma antiga, porém os campos de cpf e as configuraçoes que fez no plugin para mostrar o cpf começam a aparecer!
Também estou com esse problema, ainda nao entendi o motivo.
Existe como tirar a obrigatoriedade desses campos nas configuraçoes do plugin, porém se tirar apenas para cnpj, o cpf continuará sendo obrigatório, acredito dai que teria que fazer algum desenvolvimento em cima disso para conseguir solucionar a questão.