Estava com o mesmo problema, pesquisei e vi que o problema não é no MercadoPago mas sim na configuração do Woocommerce.
Configurações > Produtos > Inventário > Gerenciamento de estoque > Manter estoque (minutos)
Esse seria o tempo máximo para os pedidos ainda não pagos serem cancelados automaticamente, você pode deixar em branco, aumentar o tempo ou desativar o gerenciamento de estoque do woocommerce.
Estava com o mesmo problema, pesquisei e vi que o problema não é no MercadoPago mas sim na configuração do Woocommerce.
Configurações > Produtos > Inventário > Gerenciamento de estoque > Manter estoque (minutos)
Esse seria o tempo máximo para os pedidos ainda não pagos serem cancelados automaticamente, você pode deixar em branco, aumentar o tempo ou desativar o gerenciamento de estoque do woocommerce.